Le pacte germano-soviétique divise la CGT. Les ex-unitaires, proches du Parti communiste, sont exclus, tandis que les mesures gouvernementales conduisent, pendant la drôle de guerre, à la dissolution de nombreux syndicats qu'ils dirigeaient.
Au lendemain de la défaite, le 16 août 1940, un décret prononce la dissolution provisoire des centrales professionnelles. Il entre en application le 9 novembre 1940. Les proches de Léon Jouhaux, hostiles à la politique de René Belin, militant CGT devenu ministre de la Production industrielle et du Travail, créent, le 15 novembre, avec certains dirigeants de la CFTC, le Comité d'études économiques et syndicales d'où sort l'un des premiers mouvements de Résistance, Libé-Nord.
En novembre 1940 est promulguée la Charte du Travail, condamnée par La vie ouvrière clandestine et certains dirigeants de la CFTC hostiles au syndicat unique.
Les pourparlers entre ex-confédérés et ex-unitaires aboutissent à la signature des accords du Perreux, le 17 avril 1943, qui reconstituent la CGT, laquelle est représentée à l'assemblée consultative d'Alger et au CNR. A partir d'août 1943, le bureau clandestin de la CGT réunifiée fonctionne de façon exécutive. Le 8 avril 1944, la CGT demande à ses adhérents de quitter définitivement les organismes de la Charte du Travail.
La CFTC est, elle, coupée en deux entre les participationnistes et les opposants qui, derrière Gaston Tessier, s'expriment dans le Comité de liaison des organisations syndicales chrétiennes. Ces derniers refusent en juin 1943, "toute participation à la mise en place des syndicats uniques et à leur fonctionnement". La CFTC est, elle aussi, membre du CNR.